В конце 1934 года известному полярному летчику Н.И. Целибееву на самолете АИР-6 было поручено произвести полет с посадкой в Остяко-Вогульске в связи с подготовкой к открытию первых северных трасс вдоль рек Обь и Иртыш.

На тот момент у Остяко-Вогульска (старое название Ханты-Мансийска) уже существовал Самаровский аэропорт Главного Управления Северного Морского пути.

Примерно через месяц (по сообщению ТАСС) был выполнен первый рейсовый полет по новой линии Тюмень-Обдорск, проходящий через Самарово.

19.12.1935 года совершен авиарейс Тюмень-Остяко-Вогульск.

27.10.1950 года в соответсвии с Указом Президиума Верховного совета РСФСР районный центр Ханты-Мансийск преобразован в г.Ханты-Мансийск, с включением в черту города села Самарово.

04.12.1956 года Аэропорт Самарово был переименован в аэропорт «Ханты-Мансийск». Открытие нефтяных и газовых месторождений в Ханты-Мансийском автономном округе, их освоение требовало внести существенные коррективы в развитии воздушного транспорта округа.

В 1967 году было принято решение о строительстве в Ханты-Мансийске, в нагорной её части, нового аэропрта.

В 1973 году аэропорт «Ханты-Мансийск» был принят в эксплуатацию.

В начале 90-х годов Администрацией Ханты-Мансийского автономного округа принимается решение о реконструкции аэропорта.

В феврале 1994 года в связи с реорганизацией авиапредприятия в городе Ханты-Мансийске создается АО ''Юграавиа'', которое выполняет все необходимые функции по обеспечению деятельности и эксплуатации международного аэропорта «Ханты-Мансийск», являясь,  управляющей компанией аэропорта.

Сфера деятельности АО ''Юграавиа'':

• полный комплекс наземного аэропортового и коммерческого обслуживания воздушных  судов;
• обслуживание внутренних и международных перевозок:  прием и отправка пассажиров, грузов;
• техническое обслуживание ВС;
• эксплуатация, обслуживание и ремонт объектов аэропорта;
• обеспечение эксплуатантов  воздушных судов горюче-смазочными материалами;
• обеспечение авиационной безопасности, защита воздушных судов и наземных объектов от актов незаконного вмешательства;
• аварийно-спасательное обеспечение полетов;
• оказание комплекса услуг пассажирам, в том числе по гостиничному размещению и трансферту, общественному питанию;
• услуги таможенного склада временного хранения.

Режим работы аэропорта – круглосуточный.